La estructura de la OWYBT tiene unas instancias formales y otras concernientes a las Autoridades Tradicionales, que no lo son. Esta es la estructura que actualmente tiene la OWYBT
Consejos de Manos y sagas: instancia no formalizada ni institucionalizada de la que hacen parte los Malos y Sagas del pueblo Wiwa que se realicen conjuntamente trabajos tradicionales.
Consejo de comisarios (kuazhikuma): instancia no formalizada ni institucionalizada de la que hacen parte los comisarios y de todas y cada una de las comunidades del pueblo Wiwa.
Asamblea General del Pueblo Wiwa: de la cual hacen parte los miembros de la junta directiva, los coordinadores de las comisiones de trabajo, los comisarios de todas la comunidades, los gunamayina ( guama, singular: Wiwa sin ningún cargo de autoridad ) delegados por la comunidades, y los Malos y Sagas del pueblo Wiwa.
Junta Directiva: compuesta por un cabildo-Gobernador, quien hace las veces de representante legal, un secretario General, un Tesorero y un fiscal.
Comisiones de trabajo: comisión de Derechos Humanos, Comisión de Educacion, comisión de Territorio, Comisión de Mujeres y Comisión de Salud. Cada una de estas comisiones de Trabajo está presidida por un coordinador.
No esta demás decir que para efectos de la formulación, ejecución y evaluación de proyectos, desde su misma fundación, la OWYBT cuenta con un equipo interdisciplinario de profesionales que, de acuerdo a las necesidades y a la coyuntura , brinda asesoría técnica.